Koufonisia se trouve à seize milles nautiques au sud-est de Naxos, le dernier avant-poste habité d'une chaîne éparse que les Grecs appellent les Petites Cyclades. L'archipel—Donoussa, Schinoussa, Iraklia et les îlots jumeaux d'Ano et Kato Koufonisi—est resté sans habitat permanent jusqu'au XIXe siècle, lorsque des plongeurs en éponge et des bergers ont construit les premières maisons en pierre au-dessus des mouillages de pêche. Le service de ferry depuis le port de Naxos a débuté en 1989, reliant les îles au hub régional deux fois par semaine ; en 2010, les départs quotidiens en été ont fait de Koufonisia une étape habituelle des itinéraires de randonneurs. La traversée dure quatre-vingt-dix minutes à bord des ferries conventionnels qui quittent le quai commercial de Chora chaque matin, ou trois heures sur des ferries plus lents qui continuent vers le sud jusqu'à Amorgos. Des alternatives plus rapides ont vu le jour dans les années 2010 : des catamarans à voile et des semi-rigides au départ d'Agia Anna, un hameau balnéaire sur la côte sud de Naxos, réduisant le trajet à quarante-cinq minutes et permettant de mouiller à Rina Cave—une grotte marine effondrée à la pointe sud-est de Kato Koufonisi, accessible uniquement par la mer. Ces croisières d'une journée comprennent généralement un barbecue grec cuisiné à bord, des arrêts snorkeling dans les eaux turquoise peu profondes entre les îlots et deux heures à terre dans l'unique village d'Ano Koufonisi, où dix-neuf résidents permanents exploitent des tavernes saisonnières et louent des chambres au-dessus du port de pêche. La géologie est constituée de calcaire pur : le nom Koufonisia vient de kófos, creux, une référence au réseau de grottes marines et de chambres effondrées qui parsèment le littoral. Des siècles d'action des vagues ont sculpté des ponts naturels, des tunnels de nage et des arches dans les falaises. Les îles ne produisent pas d'eau douce ; des citernes recueillent la pluie hivernale et les approvisionnements estivaux arrivent par barge-citerne. La végétation est clairsemée—thym sauvage, figuiers de Barbarie et maquis bas—laissant la roche blanche exposée sous un ciel qui conserve son intensité bleue d'avril à octobre. Une excursion en bateau de Naxos à Koufonisia reste le seul moyen pratique d'atteindre l'archipel. Il n'existe pas d'aéroport et le programme des ferries se réduit considérablement après septembre. La fenêtre de départ matinale, entre neuf heures et midi, permet d'éviter les vents meltémi de l'après-midi qui peuvent rendre la traversée retour inconfortable dans les eaux exposées.