Koufonisia — deux fragments de calcaire totalisant moins de quatre kilomètres carrés — est devenu le mouillage le plus convoité des petites Cyclades, non pas par sa taille, mais par son absence. Les îlots jumeaux, Ano et Kato Koufonisi, ne possèdent pas de routes carrossables de plus de deux kilomètres, pas de port commercial capable d'accueillir des ferries de plus de cinquante passagers, et aucun monument architectural antérieur au XIXe siècle. Ce qu'ils possèdent en revanche, c'est un littoral entaillé de grottes marines et d'arches naturelles sculptées au fil des millénaires par les courants agités de la mer Égée, une clarté de l'eau permettant une visibilité jusqu'à trente mètres de profondeur, et une population de moins de quatre cents résidents permanents. L'archipel est resté inhabité jusqu'en 1750, date à laquelle des familles d'Amorgos et de Naxos ont établi des camps de pêche saisonniers pour récolter les colonies d'éponges des fonds marins. En 1840, ces camps se sont transformés en une colonie permanente sur la côte nord d'Ano Koufonisi, ses maisons cubiques blanchies à la chaux regroupées autour d'un port naturel ne dépassant pas cent mètres de large. L'économie de la pêche a soutenu la communauté jusqu'aux années 1990, lorsque les premiers caïques ont commencé à transporter des visiteurs d'un jour depuis Naxos — une traversée de dix-huit milles marins nécessitant quatre-vingt-dix minutes sous voile. Ces premières excursions en bateau de Naxos à Koufonisia ont établi le modèle toujours suivi aujourd'hui : départ matinal d'Agia Anna ou de la ville de Naxos, arrêts baignade à midi à la grotte de Rina et à la plage de Pori, déjeuner grillé à bord ou sur terre, exploration de l'après-midi dans les ruelles piétonnes d'Ano Koufonisi, retour au coucher du soleil. La grotte de Rina, une grotte marine voûtée sur le flanc est de Kato Koufonisi, est devenue la pièce maîtresse de l'itinéraire de croisière après qu'une étude de 2003 a confirmé sa hauteur sous plafond de douze mètres et sa profondeur de huit — suffisant pour que de petites embarcations puissent y entrer entièrement. Les parois intérieures de la grotte brillent d'un bleu azur lorsque la lumière du soleil se réfracte à travers l'entrée à midi, un phénomène qui dure environ quarante minutes entre fin mai et début septembre. Les croisières modernes à Koufonisia concentrent leurs arrêts baignade autour de cette fenêtre, arrivant à Rina entre midi et 13h00. Les lagunes peu profondes et les bancs de sable de l'île, en particulier l'étendue entre la plage de Finikas et Pori, permettent de marcher jusqu'à un mètre de profondeur jusqu'à cinquante mètres au large, une géographie qui a transformé Koufonisia en une destination de premier plan pour les familles et les non-nageurs cherchant à accéder à la mer Égée sans crainte des eaux profondes. La croisière d'aujourd'hui au départ de Naxos vers Koufonisia part entre 09h00 et 10h00, selon l'opérateur et le type de navire — les traversées en catamaran effectuent le trajet aller en soixante-quinze minutes, tandis que les caïques traditionnels en bois nécessitent deux heures. La plupart des itinéraires comprennent trois à quatre arrêts baignade, un barbecue grec à bord ou sur la plage avec du vin, et deux heures de temps libre dans la chora d'Ano Koufonisi pour se promener ou faire du shopping. Les traversées de retour commencent vers 17h00, programmant l'arrivée à Naxos pour le coucher du soleil de septembre, qui a actuellement lieu près de 19h30.